Pokrova Kapi izveidoti 1773. gadā pēc impērijas ukaza par aizliegumu glabāt pilsētu teritorijās. Kopā ar Vagaņkas un Novodevičjes kapiem Pokrova kapi bija Krievijas impērijas piecu lielāko kapu skaitā. 1773. gadā Pokrova kapos uzcēla koka Pasludināšanas kapelu, bet 1777. gadā pēc Pleskavas arhibīskapa rīkojuma — Pokrova baznīcu, kas 1875. gadā nodega. Šeit 1845. gada 29. aprīlī priesteris Jēkabs Mihailovs (bijušais Piebalgas grāfa Šeremetjeva īpašumu pārvaldnieks) noturēja pirmo dievkalpojumu latviešu valodā. 1858. gadā baznīcā nodibinājās latviešu draudze. Tagadējā baznīca uzcelta 1879. gadā (arhitekts R. Pflūgs, iesvētīta 1879. gada 9. septembrī).

Pokrova kapi izveidojās par Rīgas krievu kopienas galveno nekropoli. Šo kopienu pamatā veidoja jau gadsimtiem šajā zemē dzīvojošās krievu dzimtas, kā arī XX gs. pirmajā pusē no PSRS atbēgušie kultūras darbinieki un zinātnieki. Šīs kopienas pārstāvju acīs Pokrova kapiem bija īpaša vieta - bijušais Daugavgrīvas cietokšņa komandants rakstnieks Jurijs Gončarenko-Galičs, skaidri apzinādamies, ka pēc Latvijas okupācijas viņu gaida nenovēršama izrēķināšanās, vispirms sagādāja sev kapavietu tieši Pokrova kapos, pirms nošāvās.

Apbedīšanu pārtrauca 1964. gadā, bet 1967. gadā Pokrova kapus administratīvi apvienoja ar Lielajiem kapiem, lai veidotu memoriālo parku.

1991. gadā tika atjaunotas īpašumtiesības pār kapiem Latvijas Pareizticīgajai Baznīcai, kas atjaunoja kapu darbību.

Te apbedīti virkne ievērojamas personas, piemēram, Rīgas arhibīskaps Joanns (Jānis Pommers), Viļņas un Lietuvas metropolīts Sergejs (Voskresenskis), dzejniece O. Šmidta, skolotājs F. Erns, miertiesnesis N. Eše, literatūrkritiķis P. Piļskis, valsts padomnieks V. Juzepčuks, Rīgas gubernators A. Beklešovs, profesors V. Černobajevs, Marijas teātra primadonna M. Čerkaska, gaišreğis Eižens Finks, infantērijas ģenerālis A. Simonovs, aktieris V. Svobodins, Pēterburgas operas solists D. Smirnovs, rakstnieka A. Tolstoja sieva J. Rožanska, Krievijas Pirmās žurnālistikas skolas direktors P. Piļskis, bibliogrāfs S. Minclovs, čekistu nogalinātais literāts un avīzes "Сегодня" redaktors M. Ganfmans, valsts padomnieks K. Kuzjmanovs, dzejnieks Leri (V. Klopotovskis), Latvijas Brīvības cīņu dalībnieks Klementijs Didorovs, profesors Vasīlijs Kļimenko, Triju Zvaigžņu ordeņa kavalieris profesors G. Klarks, kņazs P. Jengaličevs, gleznotājs S. Vinogradovs, mākslinieks K. Visockis, izdevējs N. Belocvetovs, profesors K. Arabažins, aktieris J. de Burs, filosofs Žakovs, privātdocents J. Bērziņš, farmakologs A. Pauls, aktrise V. Artmane u.c., atrodas Muhinu (no šīs ģimenes nākusi pasaulslavenā tēlniece Vera Muhina), Vērmanes dārza patronu Vērmaņu u.c. dzimtu kapi.

Kapu ansamblī iekļautas divas sarkanarmiešu brāļu kapu vietas - mazākā datējama ar 1941. gada vasaru, bet lielākā datējama ar 1944.-1946. gadiem, kā arī 1917. gada Krievijas impērijas armijas karavīru brāļu kaps.